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不顾作者强烈抗议,Science期刊撤稿了这篇15年前发表的颠覆性论文,“砷基生命”尘埃落定
生物世界· 2025-07-25 07:54
论文撤稿事件 - 国际顶尖学术期刊Science于2025年7月24日撤回一篇15年前发表的重磅研究论文,但论文在世的11位作者全部不同意此次撤稿[1] - 该论文于2010年底发表在Science上,由NASA天体生物学研究所和美国地质调查局研究人员完成,提出了一个惊人发现:在莫诺湖发现的一种微生物能够利用砷替代磷来生长[3] - 论文指出该细菌菌株GFAJ-1能够利用砷替代磷来合成DNA和蛋白质,这一发现被认为拓宽了对其他星球存在生命可能性的认识[5] 论文争议与质疑 - 论文发表后立即引发巨大争议,苏黎世联邦理工学院和普林斯顿大学研究人员重复实验未获成功,发现GFAJ-1只是能耐受高浓度砷酸盐而非利用砷生长[7] - Science期刊撤稿声明表示论文结论源于污染,关键结论基于错误数据,但强调不存在学术不端行为[8] - 论文作者多次为其研究结果辩护,认为重复实验未能如实重现最初实验,并称争议是科学过程中的正常现象[9] 撤稿政策变化 - Science期刊解释2012年未撤稿是因为当时撤稿机制仅限两种情况:数据篡改或作者主动说明[8] - 2019年新任主编Holden Thorp认为撤稿不应只针对学术不端问题,存在重大错误的论文也应被撤稿,特别是AI驱动的文献检索兴起后,正式撤稿对纠正科学记录尤为重要[10]
Nature头条:AI大模型已达国际数学奥赛金牌水平
生物世界· 2025-07-25 07:54
人工智能在数学领域的突破 - 大语言模型首次在国际数学奥林匹克竞赛中达到金牌水平,标志着AI在复杂数学问题解决能力的重大飞跃[2][4] - DeepMind的大语言模型在评估中跨越金牌得分门槛(满分42分,35分为金牌),OpenAI的模型也展现出同等能力[4][6] - 相比2024年银牌顶尖水平,2025年实现从银牌到金牌的实质性突破,体现AI在高级数学推理和问题解决能力的显著进步[5] 技术进展与范式转变 - DeepMind此次突破采用全新大语言模型DeepThink,完全基于自然语言处理,不再依赖人类专家翻译考题和解答[6] - 此前DeepMind在数学领域依赖专门工具AlphaGeometry和AlphaProof,需要人工翻译过程,新模型实现端到端自然语言处理[6] - 国际数学奥林匹克竞赛金牌代表全球高中生数学巅峰水平,AI达到该层次表明其在复杂概念理解、创造性推理和精妙解法发现方面的高度[5] 行业影响与未来潜力 - 该突破证明大语言模型能处理需要深度逻辑思维和抽象推理的复杂任务,超越文本生成和模式识别的传统能力[7] - AI可作为教育和研究工具,帮助学生学习高等数学、启发解题思路,并协助数学研究人员探索新猜想和定理[7] - 解决奥林匹克数学竞赛金牌级问题是通往通用人工智能(AGI)的重要里程碑,体现多方面认知能力的组合[7] - 从围棋击败人类冠军到数学竞赛金牌水平,AI持续刷新机器能力认知,预示在科学探索和技术研发等领域的巨大潜力[8]
背靠背三篇Science论文:David Baker团队中国博后利用AI从头设计TCR,加速癌症免疫治疗
生物世界· 2025-07-25 04:05
TCR与癌症免疫治疗 - T细胞受体(TCR)通过识别细胞表面MHC分子呈递的短肽(pMHC复合物)监测癌细胞[2] - 传统TCR疗法依赖分离患者T细胞或扩增抗原特异性T细胞,但存在技术难度大、天然TCR亲和力不足的局限性[3] 生成式AI设计人工TCR突破 - 2025年Science发表三篇研究,利用生成式AI设计高特异性人工TCR,精准靶向肿瘤抗原[4] - 研究团队来自华盛顿大学、丹麦技术大学和斯坦福大学,通过AI克服天然TCR对疾病标志物识别弱的缺陷[5][9] - David Baker/刘炳旭团队首创全计算方法,设计能识别pMHC-I复合物的蛋白,增强免疫系统对隐蔽疾病标志物的检测能力[10] AI蛋白质设计技术细节 - 使用RFdiffusion设计覆盖MHC的小型蛋白,ProteinMPNN优化序列,AlphaFold2评估结合构象[12] - 针对11种pMHC靶标(含HIV片段和癌变肽)设计蛋白,其中8种成功激活免疫细胞,2种实现人类细胞靶向杀伤[13] - 设计的PRAME靶向蛋白使CAR-T细胞选择性摧毁癌细胞而不伤及健康细胞,验证了原子级设计精度[14] 技术优势与产业化 - 设计流程高度适应:从成功案例出发,一周内可生成针对不同肿瘤/病毒肽的新结合蛋白[16] - 数字化方法可快速生成评估数千种蛋白,缩短研发周期,为个性化药物开发铺路[16] - 团队计划成立公司推动技术转化,实现个性化癌症治疗[18][20] 行业影响 - 人工TCR克服天然TCR局限,为癌症免疫治疗开启新方向[21] - 合成小型TCR有望变革诊断工具和免疫疗法,实现高特异性、低脱靶的病毒/肿瘤抗原识别[22][23]
Cell子刊:CAR-T又攻克一种自身免疫病,成功治疗自身免疫性脑炎
生物世界· 2025-07-25 04:05
自身免疫性脑炎与CAR-T细胞疗法 - 自身免疫性脑炎是一种严重脑部疾病 患者免疫系统产生的抗体会攻击大脑 导致记忆力减退 意识混乱 行为改变 行动困难及严重癫痫发作等症状 [2] - CAR-T细胞疗法能够靶向特定免疫细胞(B细胞) 在治疗自身免疫疾病方面展现出潜力 包括引发脑部炎症的自身免疫疾病 [3] 临床研究案例 - 德国汉诺威医学院和马格德堡大学附属医院研究团队利用CD19-CAR-T细胞疗法 成功治疗一名难治性抗DAGLA抗体相关自身免疫性脑炎患者 治疗后1年随访显示持续临床改善 [4] - 该36岁男性患者此前接受脉冲式糖皮质激素 血浆置换和利妥昔单抗治疗均无效 出现全身性肌阵挛 小脑性头部震颤 垂直双眼震颤和四肢瘫痪等严重症状 [9] - 治疗采用单次静脉输注靶向CD19的全人源第二代CAR-T细胞(KYV-101) 通过国际共济失调评定量表和自身免疫性脑炎临床评估量表评分衡量疗效 [8] 治疗成果 - CAR-T细胞治疗后患者临床评分显著改善 血清和脑脊液中抗DAGLA自身抗体水平降低 脑脊液寡克隆带由阳性转为阴性 [10] - 研究亮点包括:CAR-T疗法逆转难治性DAGLA抗体相关脑炎 治疗后抗DAGLA抗体从体液中消失 1年后仍保持临床改善 [14] - 该案例表明CAR-T细胞疗法可能成为对标准疗法无响应自身免疫性脑病的潜在治疗方案 [13]
Cancer Cell:中山大学徐瑞华团队发现,这种肠道细菌可增强癌症免疫治疗效果
生物世界· 2025-07-25 04:05
免疫疗法与肠道微生物群研究 - 免疫疗法彻底改变癌症治疗格局但免疫治疗耐药性仍是主要临床障碍 [2] - 近期研究表明肠道微生物群通过调节抗肿瘤免疫增强免疫疗法效果 [2] 中山大学肿瘤防治中心最新研究成果 - 2025年7月24日徐瑞华教授团队在Cell子刊Cancer Cell发表研究论文 [3] - 论文标题为《Alistipes finegoldii augments the efficacy of immunotherapy against solid tumors》 [3] - 核心发现:肠道细菌Alistipes finegoldii可增强免疫疗法对实体瘤疗效 [4] Alistipes finegoldii作用机制 - 该细菌与多个队列中更优的免疫治疗效果相关 [6] - 通过CXCL16-CXCR6信号轴增强CD8+ T细胞趋化作用提高疗效 [6] - 源自该细菌的脂蛋白LIPOAF结合TLR2激活NF-κB通路增强CXCL16表达 [7] - 释放的CXCL16招募CXCR6+ CD8+ T细胞至肿瘤微环境抑制肿瘤生长 [7] 研究核心发现总结 - 高丰度Alistipes finegoldii与免疫治疗反应改善直接相关 [8] - 该细菌能显著增强抗PD-1单抗在实体瘤模型中的疗效 [8] - 激活CXCL16-CXCR6信号轴是增强抗肿瘤免疫的关键途径 [8] - 其脂蛋白触发TLR2-NF-κB-CXCL16信号通路构成完整作用链条 [8] 潜在临床应用方向 - 结合Alistipes finegoldii与免疫疗法可能成为实体瘤治疗新策略 [10]
浙江大学发表最新Nature论文
生物世界· 2025-07-24 22:29
水杨酸生物合成研究突破 - 浙江大学团队揭示水稻中水杨酸合成的PAL途径,鉴定出BEBT-BBH-BSE三步酶联反应模块,将苯甲酰辅酶A转化为水杨酸 [2][6] - 该模块在多种植物中具有进化保守性,填补了植物防御激素生物合成领域的知识空白 [8] - 四川大学团队同期发现PAL途径在种子植物中高度保守,为抗病作物育种提供分子基础 [9] - 浙江师范大学团队完整解析水稻PAL途径,证实其在大多数种子植物中的保守性 [10] 水杨酸的生物学意义 - 水杨酸作为植物激素已有4000多年应用历史,阿司匹林是其最著名的衍生物 [2] - 在植物免疫防御中发挥核心作用,协调病原体抵抗反应 [5] - 此前仅ICS途径被明确,PAL途径长期未完全解析 [6][13] - 三项研究共同破解了水杨酸生物合成途径的未解之谜 [14] 研究团队与发表信息 - 浙江大学潘荣辉、范鹏祥团队成果发表于Nature,共同第一作者为王玉康、宋书言、张文轩 [2][6] - 四川大学张跃林团队研究由刘亚楠、徐璐作为共同第一作者 [9] - 浙江师范大学张可伟团队与布鲁克海文国家实验室合作完成 [10] - 三项研究均于2025年7月23日同期发表在Nature期刊 [9][10][15][19]
华人学者一天发表了11篇Nature论文
生物世界· 2025-07-24 09:42
华人学者在Nature期刊的研究成果 - 2025年7月23日Nature期刊上线26篇论文,其中11篇来自华人学者(包括通讯作者和第一作者)[2] - 中国科学院分子细胞科学卓越创新中心陈玲玲研究员团队发表关于核仁中pre-rRNA空间分布及功能组织的研究[2] - 四川大学生命科学学院张跃林团队发表植物中由苯甲酰辅酶A合成水杨酸的三步生物合成途径研究[4] - 浙江大学潘荣辉和范鹏祥团队发表解析植物中由苯丙氨酸衍生的水杨酸生物合成过程研究[6] - 浙江师范大学张可伟团队与布鲁克海文国家实验室刘长军合作发表植物中苯丙氨酸向水杨酸的完整生物合成过程研究[7] 国际研究机构的重要发现 - 耶鲁大学Yile Dai和弗雷德·哈钦森癌症研究中心Kai Qin合作发表检查点免疫疗法的体液决定因素研究[10] - 哈佛大学医学院Zepeng Mu参与发表CRISPR编辑单细胞中精确界定疾病突变体影响的研究[12] - 杜克大学/斯坦福大学医学院Winston W Liu发表肠道对微生物模式的感知调节进食机制研究[15] - 麻省理工学院Ziliang Kang发表适用于软质基底的机械式水下粘合装置研究[17] - 霍华德·休斯医学研究所珍妮莉亚研究园区Arthur Zhao发表果蝇运动视觉中眼结构塑造神经元功能研究[19] 生物技术与AI创新应用 - 加州大学圣地亚哥分校Zhiqian Li和约翰·霍普金斯大学Yuemei Dong合作发表通过驱动蚊子FREP1基因保护性等位基因对抗疟疾研究[21] - 中国科学院遗传与发育生物学研究所高彩霞研究员与华中农业大学李国田教授合作发表整合生物技术与AI创新用于作物改良的综述论文[23]
Nature:Meta公司开发非侵入式神经运动接口,实现丝滑人机交互
生物世界· 2025-07-24 07:31
人机交互技术革新 - Meta公司现实实验室研发了一款手腕佩戴装置,可通过手写动作实现人机交互,无需个性化校准或侵入性手术[3] - 该装置将手腕肌肉电信号转换为计算机指令,显著提升交互流畅度和可及性规模[3] 技术原理与性能 - 研究团队基于数千名受试者数据开发高灵敏度手环,结合深度学习构建泛型解码模型,性能遵循尺度定律(随模型规模和数据量提升)[5] - 装置通过蓝牙实时识别手势,支持虚拟导航和文本输入(每分钟20.9个单词,手机键盘平均36词/分钟)[6] - 个性化数据可进一步优化解码精度,为生物信号解码器广泛应用提供方向[5] 应用场景与数据共享 - 神经运动手环特别适用于行动受限群体(如肌无力、瘫痪患者),改善其计算机交互能力[8] - 团队公开了包含300名受试者、超100小时表面肌电信号记录的数据库,推动sEMG领域研究[9] 学术成果发布 - 研究成果发表于Nature期刊,标题为《A generic non-invasive neuromotor interface for human-computer interaction》[2][10]
Nature:谷歌DeepMind团队开发生成式AI模型,这一次,超越历史学家
生物世界· 2025-07-24 07:31
人工智能在历史研究中的应用 - 谷歌DeepMind开发了生成式AI模型Aeneas,用于分析罗马时期的拉丁铭文,帮助修复缺失文本、预测来源和评估年代 [3][6] - Aeneas模型基于全球三大拉丁铭文数据库训练,数据集包含176861条铭文,时间跨度从公元前7世纪到公元8世纪 [6] - 该模型由三个神经网络组成,分别负责修复文本、预测来源和评估年代,并提供相关性排名支持其答案 [7] 模型性能表现 - Aeneas在90%的情况下提供有用的语境建议,将关键任务置信度提高44% [7] - 模型判断铭文年代的误差在13年以内,优于历史学家单独判断的31年误差 [7] - 在确定地理来源和修复文本时,人机合作的准确率高于单独工作 [7] - 模型成功分析了《神圣奥古斯都事迹录》,识别出拼写变化等历史特征 [7] 实际应用案例 - Aeneas在分析拉丁铭文祭坛时,识别出地理关联但未被告知的同类祭坛 [8] - 模型修复了公元113-114年的撒丁岛青铜军事证书残片 [10] - 该工具可处理海量数据,大幅缩短人工需数周至数月的工作时间 [10] - 相比流行AI工具,Aeneas的答案基于证据库的合理假设,更具逻辑性 [10]
Nature综述:高彩霞/李国田系统总结并展望“AI+BT”未来作物育种新范式
生物世界· 2025-07-24 07:31
全球农业可持续发展挑战 - 全球人口持续增长、气候变化加剧及耕地资源减少导致粮食安全与农业可持续发展成为重大挑战 [1] 多学科技术整合推动作物改良 - 中科院与华中农大团队在Nature发表综述,提出AI与生物技术整合的作物改良框架 [2][3] - 现代组学技术(基因组学、代谢组学、单细胞组学)为育种提供遗传信息解析能力,揭示新性状改良位点 [4] - 高通量表型技术(HTP)通过无人机、传感器实现基因型与表型高效连接,加速优良变异筛选 [4] 基因组编辑与蛋白质设计技术突破 - CRISPR技术实现跨尺度基因组精准编辑,显著缩短育种周期并聚合优良性状 [4][8] - AI驱动的蛋白质设计可创造自然界不存在的新功能蛋白(如抗病蛋白、生物传感器、环境降解酶) [4][10] AI辅助作物设计框架 - 提出整合基因组、表型、环境等多模态数据的AI辅助设计模型,实现数据驱动的精准育种 [19] - AI通过深度学习生成优化育种方案(如提升产量、抗逆性、营养品质),替代传统经验依赖模式 [19][24] 技术应用挑战与政策环境 - 高质量标准化数据是AI模型训练基础,需遵守生物安全与法规要求 [21] - 全球基因组编辑作物监管政策趋向科学简化,为技术推广创造有利条件 [21] 研究团队与贡献 - 通讯作者为中科院高彩霞研究员与华中农大李国田教授,多国机构学者参与论文撰写 [21]