撰文丨王聪 编辑丨王多鱼 排版丨水成文 阿尔茨海默病 （AD） 是最常见的痴呆症类型。多大数阿尔茨海默病研究都集中于 β-淀粉样蛋白 （Aβ） 积累 和 tau 蛋白缠结 ，然而，只是这些蛋白质的堆积 并不能完全解释阿尔茨海默病。实际上，绝大多数针对这两种蛋白质的实验性药物都已失败，极少数获批的几款药物也只能带来有限的益处，且副作用明显。 2025 年 9 月 25 日，西奈山 伊坎 医学院 张斌 、 蔡东明 、 圣裘德儿童研究医院 童研究医院 彭隽 敏 团队合作 （ 王二明 、 余凯文 、 操基 清 为共同第一作 者） ，在 Cell 期刊发表了题为 ： Multiscale Proteomic Modeling Reveals Protein Networks Driving Alzheimer's Disease Pathogenesis 的研究论文。 该研究提供了迄今为止对 阿尔茨海默病 患者大脑细胞如何相互作用的最全面视角，绘制出的蛋白质网络揭示了 神经元 与 神经胶质细胞 （特别是星形胶质细胞 和小胶质细胞） 之间的 信息交流 中断 与阿尔茨海默病的发展密切相关 ，而 一种名为 AHNAK 的蛋白 ...

研究背景与意义 - IDH突变型星形细胞瘤是成人弥漫性胶质瘤的三种分子亚型之一 具有侵袭性强和可塑性的特点 标准治疗后几乎不可避免复发[2] - 肿瘤异质性和复杂分子机制导致治疗结局差异 尽管分子诊断改善患者管理 该疾病仍致命[2] - 既往研究将CDKN2A/B基因纯合缺失作为WHO 4级诊断标准 MYC基因扩增预示侵袭性进展 但缺乏这些改变的患者的进展和耐药机制知之甚少[5] - 蛋白质组学与基因组学、转录组学结合可揭示单组学无法捕捉的癌症生物学信息 但IDH突变型星形细胞瘤的预后信息蛋白质基因组学视角仍有限[6] 研究方法与数据 - 研究整合多组学数据n=51 单细胞RNA测序n=21 空间组学n=6 进行全面分子和细胞特征描述[7] - 分析基于精心挑选的队列 包括时空多组学数据 以定义分子亚型[3][7] - 结果在癌症基因组图谱TCGA和中国273例IDH突变型星形细胞瘤队列中得到验证[7] 分子亚型分类 - 定义四种基于蛋白质组的分子亚型：AFM脂质和脂肪酸代谢相关通路活跃 PPR细胞周期与DNA复制通路显著富集常伴CDKN2A/B缺失与高级别肿瘤相关 IME免疫与间质相关通路显著富集 NEU神经元功能相关蛋白表达突出[7] - PPR和IME亚型与较差预后相关[7] - IME亚型约占IDH突变型星形细胞瘤的13% 具有明显免疫浸润 富集的肥胖细胞样分化GD以及不良预后特征[7] 亚型进化与机制 - 对189对初发复发样本的纵向分析显示肿瘤向PPR/IME亚型进化[7] - 进化分析表明IME在复发时更为普遍[7] - 空间多组学分析将肥胖细胞样分化GD形态与间质样MES肿瘤细胞联系起来[7] - IME MES样肿瘤细胞中干扰素刺激基因如GBP1表达水平较高 能够促进增殖和迁移 提示不良预后机制[8] AI诊断工具开发 - 开发AI驱动的多组学分类器GUIDE Generic Utility for IME Diagnostic Estimation[8] - GUIDE灵活整合多模态数据 包括病理组织学图像 转录组 蛋白质组及DNA甲基化数据 支持单模态或多模态输入 实现准确患者分型判定[8] 研究价值与亮点 - 研究描绘基于蛋白质组学的聚类分析 揭示免疫热亚型IME 可能为疗法开发提供有价值新信息[9] - 蛋白质组学定义具有预后价值的亚型[10] - 复发性肿瘤中IME和PPR亚型更为丰富[10] - IME亚型具有丰富肥胖细胞样分化和淋巴细胞浸润特征[10] - AI工具GUIDE实现多组学驱动的患者分层[10]

撰文丨王聪 编辑丨王多鱼 排版丨水成文 胆管癌 （CCA） 是一种非常凶险的恶性肿瘤。由于其起病隐匿，早期临床症状不明显，通常在中晚期才被诊断出来，导致预后不良，生存期短 （5 年生存率在 7%-20% 之间） 。胆管癌的常见诊断方法主要包括实验室检查、影像学检查和内镜活检，但这些方法缺乏特异性和敏感性，且可能损伤组织，使得胆管癌的早 期诊断和鉴别诊断变得困难。因此，迫切需要找到新的诊断方法。 2025 年 9 月 9 日，兰州大学第一医院 孟文勃 教授 、兰州大学物理科学与技术学院 丁莉芸 教授、 兰州大学第一医院 岳平 副教授、 中山大学附属第七医院袁 金秋 研究员 等，在 Cell 子刊 Med 上发表了题为： Real-time diagnosis of cholangiocarcinoma by combining digestive endoscopy and optic fiber biosensors based on bile clusterin 的研究论文。 该研究表明， 基于胆汁丛生蛋白的 光纤生物传感器 与 消化内镜 相结合， 可实现 胆管癌 的实时诊断。 近年来，液体活检和肿瘤生物标 ...

行业技术发展 - 蛋白质组学经历过去三十年的软硬件技术革新 包括样本制备精细化 肽段分离高效化 质谱测序跨越式发展 数据解析能力显著提升 大数据与深度学习深度融合[2] - 技术突破涵盖配体靶蛋白鉴定新方法PELSA 肽段制备新技术OPPRAD DEEP-SEQ蛋白组学测序平台 时空动态蛋白组学技术 单细胞蛋白质组学Mad-CASP技术 蛋白质芯片技术[3] - 前沿进展包括蛋白质组学与精准医学 空间蛋白质组学 单细胞蛋白质组学 翻译后修饰蛋白质组学等领域最新研究成果[3] 会议核心内容 - 第七届蛋白质组学新技术新方法网络研讨会将于2025年8月28日举办 聚焦新技术新方法 空间蛋白质组学 单细胞蛋白质组学 翻译后修饰蛋白质组学等热门研究方向[2] - 上午会议重点包括PELSA配体靶蛋白质鉴定方法 蛋白质组学样本质控自动化高通量技术 高通量疾病生物标志物发现技术 不同质谱分析技术应用 基于液滴反应的快速多肽制备技术[6] - 下午会议重点包括时空动态蛋白组学技术及临床应用 ZenoTOF 8600高分辨质谱系统 DEEP-SEQ平台揭示蛋白质组暗物质 全自动移液工作站应用 高灵敏度高通量单细胞蛋白质组学 Orbitrap-Astral系统助力单细胞研究 Mad-CASP技术开发 高灵敏度4D-质谱技术 分枝杆菌修饰调控酶底物谱研究[6] 参与机构与专家 - 学术机构参与包括上海交通大学 复旦大学 同济大学 上海中医药大学 中国科学院大连化学物理研究所 中国医学科学院苏州系统医学研究所 中科中山药物创新研究院等8位专家学者[3][6] - 企业参与包括赛默飞 布鲁克 安捷伦 SCIEX 合创生物等厂商带来最新黑科技产品与创新方案[3][6]

SEER (SEER) FY Conference 关键要点总结 公司概述 - SEER是一家专注于深度无偏蛋白质组学分析的公司，提供Proteograph产品套件[1][3] - 公司于2020年12月上市，2022年广泛商业发布Proteograph产品[5] - 产品包括仪器、消耗试剂盒和分析软件[5] - 公司使命是以前所未有的深度、规模和速度提供蛋白质组内容访问[3] 技术进展 - 初始产品可在8小时内处理16个样本[5] - 第二代产品Proteograph XT可在8小时内处理40个样本，质谱时间减少150%[6] - 最新产品Proteograph One(SP 200仪器)可实现大规模人群蛋白质组学研究[6] - 蛋白质组复杂度远高于基因组：20,000基因→200,000转录本→数百万蛋白质[4] - 最新技术可在质谱上检测约10,000种蛋白质[7][27] 商业里程碑 - 2025年Q1宣布与公司客户进行10,000样本研究[6] - 2025年Q2宣布与韩国大学进行20,000样本研究[7] - 预测2026年将出现首个100,000样本的质谱研究[8] - 已有52篇关于SEER的论文发表[20] - 2025年收入指导为1700-1800万美元，同比增长约25%[43] 技术优势 - 解决了质谱无法规模化的问题[13] - 最新产品可在4.5小时内处理80个样本[15] - 与Astral质谱仪配合使用可将蛋白质检测从900种提升至近10,000种[27] - 拥有250多项专利[31] - 开发了专门的大规模数据分析软件套件[16] 商业模式 - 收入构成：消耗品约65%，STACK服务约25%，仪器10-15%[40] - 预计未来STACK服务将降至收入的10-20%[39] - 采用SIP(战略仪器放置)贷款计划促进采用[37] - 学术和政府客户约占收入30%(2024年政府18%，学术12%)[47] - 2025年学术客户占比提高，政府客户减少[47] 财务状况 - 现金及等价物约2.6亿美元，无债务[52] - 现金消耗率约40-45%[52] - 已完成2000万美元股票回购(占流通股13%)[53] - 预计未来无需融资[53] 行业展望 - 无偏蛋白质组学将创造全新终端市场[10] - 预测将出现类似基因组学的内容发现革命[11] - 大规模研究将促进新生物标志物、药物靶点和诊断方法的发现[20] - 分拆公司Prognomic即将推出肺癌早期检测LDT[23] 竞争格局 - 质谱技术持续改进但未缩小与SEER的差距[29] - 竞争对手尝试模仿但性能不及SEER[31] - 靶向蛋白质组学平台(如Olink)仍有其应用场景[19] - 无偏方法将补充而非取代靶向方法[21]

财务数据和关键指标变化 - 第二季度总收入为2450万美元 同比下降29% 主要受美国学术和制药终端市场资金暂停和不确定性影响 [15] - 毛利率为46.2% 非GAAP毛利率为41.8% 下降主要由于产量降低和固定成本杠杆效应减弱 [17][18] - 运营费用为4840万美元 包含960万美元收购整合相关成本和640万美元商誉减值费用 [19] - 非GAAP运营费用为3110万美元 与去年同期持平 调整后EBITDA亏损1370万美元 [19] - 期末现金及等价物为2.638亿美元 调整后现金使用量为260万美元 同比改善49% [20] 各条业务线数据和关键指标变化 - 消耗品收入为1490万美元 仪器收入为200万美元 本季度仅安装10台仪器 去年同期为22台 [16] - 加速器实验室收入为400万美元 同比下降60% 主要因制药客户大型项目减少 [16] - 诊断合作伙伴销售额为260万美元 去年同期为70万美元 [17] - 学术销售下降18% 制药销售下降38% 客户结构为学术与制药各占50% [16] 各个市场数据和关键指标变化 - 通过收购Akoya 公司总可服务市场扩大至50亿美元 覆盖神经学 免疫学和肿瘤学领域 [11] - 合并后收入结构为神经学53% 免疫学和肿瘤学47% [11] - 消耗品业务表现稳健 上半年收入约1亿美元 与前期基本持平 [32] 公司战略和发展方向和行业竞争 - 完成Equaya收购 预计在2026年前实现8500万美元协同节约 目前已实现75%目标 [7][23] - 推出下一代Simoa平台 计划2025年上市 可将可安装基数扩大20倍至2万台以上 [12] - 建立阿尔茨海默症诊断业务 测试量翻倍 收入增长三倍 预计年内获得Medicare定价推荐 [13] - 将30%收入投入研发 处于同业高端水平 强化在蛋白质组学领域的竞争优势 [13] 管理层对经营环境和未来前景的评论 - 蛋白质组学被视为行业最具变革性机会 类似20年前的基因组学 [9][10] - 公司平台具有超高灵敏度 能检测其他技术无法发现的低丰度生物标志物 [10] - 尽管市场环境挑战 仍致力于2026年实现现金流收支平衡 [25] - 2025年收入指引调整为1.3-1.35亿美元 其中Simoa收入1-1.05亿美元 [21] 其他重要信息 - Akoya在第二季度产生1820万美元收入 现金使用量为900万美元 [21] - 预计2025年GAAP毛利率为49-53% 非GAAP毛利率为45-49% [22] - 全年调整后现金使用量预计3400-3800万美元 年末现金余额约1.2亿美元 [22][23] 问答环节所有的提问和回答 问题: 加速器业务现状及临床研究领域趋势 [29] - 加速器业务同比增长40% 但项目规模较去年明显缩小 客户数量增加 [30] 问题: 学术客户信心恢复条件 [31] - 消耗品业务展现韧性 上半年收入稳定 基于当前可见度制定指引 已观察到积极迹象 [32] 问题: 成本削减措施对客户服务能力的影响 [35] - 通过整合商业团队和优化运营流程实现协同效应 同时保护仪器开发和诊断业务的增长投资 [36][37][38]

研究背景与意义 - 全球神经退行性疾病影响超过5700万人 且患者数量预计每20年翻倍[2] - 当前疗法开发受限于诊断难度及对疾病机制理解不足[2] - 生物标志物研究有助于早期识别疾病并改善治疗方法[2] 研究数据与方法 - 分析全球最大蛋白质数据集之一 包含3.5万个生物流体样本和约2.5亿个独特蛋白质测量数据[2] - 样本来源覆盖全球23个科研团体 包含血浆和脑脊液等生物流体及临床数据[2] - 采用先进蛋白质组学技术解析神经退行性疾病的分子图谱[2] 核心研究发现 - 鉴定出阿尔茨海默病、帕金森病、额颞叶痴呆和肌萎缩侧索硬化的特异性蛋白质标志物[2] - 发现疾病特异性血浆生物标志物图谱及三种神经退行性疾病共有的蛋白质特征[3] - 揭示APOEε4等位基因携带者的脑脊液/血浆蛋白特征 该基因突变不仅增加阿尔茨海默病风险 还可能在其他神经退行性疾病中发挥广泛作用[3] - 确定认知功能相关蛋白质的年龄相关性改变 揭示脑脊液和血浆蛋白质水平与认知健康的关联机制[3] 临床与应用价值 - 基于血液的诊断测试和抗体疗法等突破性进展有望改善疾病结局[1] - 研究成果为提早发现主要神经退行性疾病提供新途径[1] - 为开发诊断、预防和治疗神经退行性疾病的新方式奠定基础[3] 合作与未来方向 - 国际合作与数据共享对加速神经退行性疾病研究至关重要[3] - 未来将针对更多样化人群开展研究 旨在通过精准联合疗法实现更好疗效[3]

收购交易 - 公司宣布以3.5亿美元现金收购蛋白质组学技术企业SomaLogic及其他指定资产，交易含高达7500万美元的绩效里程碑款项及业绩相关版税 [1] - 交易预计2026年上半年完成，需满足监管审批等交割条件，双方目前保持独立运营 [4] - 此次收购建立在2021年12月双方共同开发协议基础上，旨在整合SomaScan®检测技术与公司NGS平台 [3] 战略布局 - 收购将强化公司在蛋白质组学市场的布局，推进2024年提出的多组学战略，提升NovaSeq X产品价值 [3] - 整合SomaLogic技术后，结合公司NGS平台、DRAGEN™软件及Connected Multiomics，可加速蛋白质组学技术发展并降低成本 [3] - 预计2025年Q3全面推出Illumina Protein Prep产品，目前已在全球近40家早期客户中试用 [3] 行业前景 - 全球蛋白质组学市场规模预计从2024年336亿美元增至2029年605亿美元，年复合增长率12.4% [9] - 蛋白质组学被视为体外诊断行业最后竞争领域，能直接反映疾病状态，在生物标志物发现、药物研发等方面起关键作用 [7] - 行业已现多起重大布局：赛默飞世尔2023年31亿美元收购Olink，Spear Bio获数千万美元种子轮融资，Alamar Biosciences完成1亿美元C轮首募 [10] 公司现状 - 公司占据全球基因测序仪超80%市场份额，但2024年营收43.72亿美元同比下滑2.9%，连续三年亏损达12.23亿美元 [6] - 面临中国市场列入不可靠实体清单、罗氏诊断/华大智造等竞争者蚕食份额等挑战，2025年4月宣布全球裁员3.5%以缩减1亿美元开支 [6] 技术协同 - 蛋白质组学可解析免疫细胞亚型功能，弥补基因测序在mRNA和蛋白质层面的应用确定性不足问题 [7] - 公司现有基因测序业务被视为"卖铲人"，而蛋白质组学作为生命活动最终执行者的检测工具更具临床价值 [7] - 预计收购标的2027年实现非GAAP经营收入盈利，2028年经营利润率与公司整体持平 [10]

行业现状与市场认知 - 资本市场对透明质酸和重组胶原蛋白的认知存在误导性偏差，偏离科学和产业发展基本面 [1] - 重组胶原蛋白仅是胶原蛋白研究和产业转化中的小分支，制高点仍掌握在生命科学研究机构和医药企业手中 [1] - 国际上尚未批复基于重组胶原蛋白的医美三类械证书，表明该领域仍处于探索阶段 [1] - 2024年中国透明质酸出口量达161吨（医药级11.8吨），而重组胶原蛋白出口量不足0.02吨，仅为透明质酸的千分之一点二 [2][3] - 国内市场对重组胶原蛋白的热度缺乏真实数据支持，部分品牌实际采购透明质酸和其他活性物的数据与宣传不符 [2] 华熙生物业务表现 - 透明质酸业务未受重组胶原蛋白影响，国内外市场实际年增幅超10%，医药级透明质酸增速超20% [3] - 公司拥有11张医美三类医疗器械证，为行业最多，质疑方尚未取得相关资质 [3] - 活性物原料业务和医疗终端业务营收均达十几亿元，保持50%左右净利润率 [3] - 业绩下滑主因是消费品业务下滑及一次性资产减值，剔除后公司盈利能力依然卓越 [3] 行业竞争格局 - 近期业绩良好的企业主要依靠电商运营能力而非单一成分，重组胶原蛋白赛道部分企业仍处于亏损状态 [4] - 部分企业利用消费者认知漏洞，将非胶原蛋白的多肽或二肽冠以"重组胶原蛋白"概念进行营销 [5] - 网络平台存在压制真实消费者评价的现象，正常学术探讨和预警内容被违规下架 [5] 技术与标准问题 - 当前行业缺乏对重组胶原蛋白的有效检测标准，存在概念滥用现象 [8] - 部分产品虽标榜"重组胶原蛋白"但无法形成胶原蛋白序列和高级结构，不具备生理学功能 [8] - 检测工作需要专业人士、检测机构、媒体等多方共同参与，建立科学可验证的标准体系 [7][8] 资本市场沟通 - 资本市场分析师多归类于消费零售领域，缺乏生物学背景，导致对技术路线理解偏差 [6] - 透明质酸和胶原蛋白同属细胞外基质物质，应研究其交互作用而非简单视为竞争赛道 [6] - 资本市场追求新题材的特性与科研产业转化复杂历程存在天然矛盾 [6] 行业发展建议 - 行业可信度不应建立在概念滥用和水军营销基础上，需回归科学和产业基本规律 [5] - 需要建立多方参与的检测标准讨论机制，移去产业泡沫和错误方向 [7] - 良性生态需要杜绝不合规经营行为，保障企业间的公平竞争环境 [9]

纪要涉及的公司和行业 - 公司：Bruker（BRKR） - 行业：质谱仪、多组学、半导体、国防与国土安全检测、细胞分析、空间生物学 纪要提到的核心观点和论据 产品创新 - **TIMS Ultra and AIP**：用于传统自下而上蛋白质组学，提升MSMS灵敏度和带宽，与Evocep Ino配合实现每天500个样本的高通量，在单细胞蛋白质组学、亚细胞蛋白质组学和免疫肽组学等领域表现出色，该业务规模约2亿美元，与Team Red竞争[5][6][10] - **TIMS Metabo**：针对小分子高分辨率精确质量市场，包括PFAS研究、代谢组学和脂质组学等应用，灵敏度是现有产品的10倍，能解决注释置信度这一关键痛点，有望在几年内使市场机会翻倍[11][13][15] - **TIMS Omni**：开创了蛋白质组学2.0时代，可进行自上而下的蛋白质组学研究，适用于生物制药决策，目前市场竞争小，预计初期约三分之一的系统将用于生物制药[17][18][25] 市场策略与资源分配 - 因学术市场受政府预算影响，公司将资源重新分配至受政府预算影响较小的市场，如代谢组学、脂质组学、生物制药和应用市场等[22][24] - 为应对不确定性，公司准备在2026年实现适度增长，目标是有机增长6% - 8%，并通过削减成本实现显著的利润率扩张和每股收益增长[32][33] 市场优势与增长机会 - **国防与国土安全检测业务**：规模为3000 - 4000万美元，增长显著，预计明年增长2000万美元，主要得益于欧洲国防投资增加和机场安检需求增长，可带来约50个基点的增长[38][39][42] - **半导体计量业务**：占公司收入的8%，有望增长至10% - 12%，受益于高性能计算、人工智能和芯片制造的发展，公司在该领域技术领先，客户包括台积电和三星等[42][43][45] - **中国市场**：有望从刺激政策中受益，公司的高端研究工具如质谱仪、核磁共振仪和显微镜等需求大，但预算释放时间不确定，若在今年下半年释放，将为2026年带来显著顺风[47][49][51] 新产品与市场拓展 - **Beacon Discovery**：下一代台式细胞分析产品，价格降至50万美元，可拓宽市场，用于抗体发现和细胞系选择等[54][55] - **空间生物学产品**：通过NanoString交易进入该领域，对产品进行创新和改进，解决了IP诉讼问题，提升了性能和通量，与竞争对手相比具有优势，还推出了Painscapes仪器，用于研究细胞核内的位置、相互作用和结构[60][61][65] 其他重要但是可能被忽略的内容 - 学术市场的售后耗材和服务合同比例低于平均水平，且受政府预算影响较大，公司预计2026年学术市场收入下降20% - 25%[22][24] - 公司成功完成了ERP向S4HANA的过渡，有助于提高运营效率[34] - 公司在空间生物学领域的产品通过NanoString销售渠道进行销售，与Akoya和Lunafore等竞争[64]