文章核心观点 - 一项发表在《自然·遗传学》的大型全基因组关联研究（GWAS）提供了迄今为止最有力的证据，表明基于质谱的验证对于将基因组信号转化为可靠的药物靶点和临床生物标志物至关重要[1] - 该研究使用Seer公司的Proteograph产品套件，在肽段水平上测量蛋白质并绘制其遗传决定因素，发现若不进行质谱验证，基于亲和力检测方法报告的蛋白质-基因关联中多达三分之一无法复现，凸显了蛋白质组学中准确性的必要性[1] 研究设计与规模 - 分析包含约1,600个代表多种族背景的血液样本，其中1,260个样本作为发现队列，325个样本作为独立复制队列[2] - 在这些样本中，共检测到5,753种蛋白质，其中1,980种在至少80%的参与者中被量化[2] 研究发现与遗传关联 - 研究人员从数据中识别出364个蛋白质数量性状基因座（pQTLs），其中102个在独立队列中成功复制[3] - 在复制的信号中，有35个是此前未报道过的，扩展了蛋白质遗传调控的目录[3] 技术对比与准确性验证 - 研究将质谱结果与两个最大的基于亲和力的蛋白质组学资源进行比较，揭示了明确模式[6] - 在多个亲和力平台上一致报告的pQTLs得到了质谱的确认[7] - 由单一亲和力平台报告的关联中，多达三分之一在质谱测试中无法复现[7] 技术优势与原理 - 传统的亲和试剂方法在测量大群体中预定的蛋白质组时，当蛋白质改变性遗传变异改变了亲和试剂的结合位点，会产生错误的信号（即表位效应）[4] - Seer的Proteograph质谱方法通过在肽段水平直接测量蛋白质，能够测试遗传变异是否真正改变了蛋白质表达，从而减少了混淆的表位效应[5] - 该平台使得进行具有遗传关联研究所需深度和可重复性的大规模群体质谱蛋白质组学成为可能[6] 对下游研究的意义 - 对于进行GWAS和孟德尔随机化研究的学术研究者而言，仅基于亲和试剂构建的数据集可能包含相当一部分不代表真实蛋白质丰度的关联，若无验证，下游分析可能从表位效应导致的假象中得出因果推论[6] - 对于药物发现和生物标志物开发，肽段水平的验证增强了所选靶点代表真实生物学而非技术噪音的信心，可靠的关联减少了浪费的努力，并增加了临床前发现在临床环境中成立的可能性[9] - 对于转化研究，该研究展示了质谱和亲和试剂如何结合使用，质谱可对基于亲和力的预测的可靠性水平进行分层[9] 行业影响与公司定位 - 这项研究标志着验证阶段的完成，为质谱能够系统性地解析假象并确认哪些关联是稳健的提供了同行评议证据[10] - 随着蛋白质组学扩展到更大人群并与基因组学、流行病学和临床记录整合，这些数据集的效用取决于准确性[11] - 通过将发现锚定在肽段水平的确认上，Seer将蛋白质组学定位为一种可用于群体研究的科学，以临床影响所需的严谨性支持药物靶点、生物标志物和转化医学[11] - Seer公司的Proteograph产品套件集成了专有的工程纳米颗粒、简化的自动化仪器、优化的耗材和先进的分析软件，以解决传统方法未能克服的挑战[12]

研究核心发现 - 一项发表在《自然·遗传学》的大型全基因组关联研究提供了迄今为止最有力的证据，表明质谱验证对于将基因组信号转化为可靠的药物靶点和临床生物标志物至关重要[1] - 研究使用Seer的Proteograph产品套件，在肽段水平测量蛋白质并绘制其遗传决定因素，发现若无质谱验证，基于亲和力检测方法报告的蛋白质-基因关联中多达三分之一无法复现[1] 研究方法与规模 - 分析包含约1,600个代表多种族背景的血样样本，其中1,260个为发现队列，325个为独立复制队列[2] - 在这些样本中，共检测到5,753种蛋白质，其中1,980种在至少80%的参与者中被量化[2] - 研究人员从中识别出364个与蛋白质丰度相关的蛋白质数量性状基因座遗传变异，其中102个在独立队列中复现，35个复现信号是此前未报告的[3] 技术对比与优势 - 传统的亲和试剂方法在测量大群体中预定的蛋白质组时，当蛋白质改变性遗传变异改变亲和试剂的结合位点时，会产生错误信号，即“表位效应”[4] - Seer的Proteograph质谱方法通过在肽段水平直接测量蛋白质，能够测试遗传变异是否真正改变了蛋白质表达，从而减少了混淆的表位效应[5] - 研究将质谱结果与两个最大的基于亲和力的蛋白质组学资源进行比较，发现仅在单一亲和平台上报告的关联中，多达三分之一在质谱测试中无法复现[6][7] - 而跨多个亲和平台一致报告的pQTLs则得到了质谱的确认[7] 对行业研究的意义 - 对于进行GWAS和孟德尔随机化研究的学术研究者而言，仅基于亲和试剂构建的数据集可能包含相当一部分不代表真实蛋白质丰度的关联，未经验证的下游分析存在从表位效应伪影中得出因果推论的风险[6] - 对于药物发现和生物标志物开发，肽段水平的验证增强了所选靶点代表真实生物学而非技术噪音的信心，可靠的关联减少了浪费，并增加了临床前发现在临床环境中成立的可能性[9] - 对于转化研究，该研究展示了质谱和亲和试剂如何结合使用，质谱可对基于亲和力的预测的可靠性水平进行分层[9] 公司技术与定位 - Seer的Proteograph平台使得能够以遗传关联研究所需的深度和可重复性进行群体规模的质谱蛋白质组学分析[6] - 通过提供大规模的肽段水平确认，Proteograph建立的蛋白质测量可带来新的遗传关联，并有助于注释基于亲和力的pQTL预测的准确性[6] - 该研究标志着验证阶段，提供了经过同行评审的证据，证明质谱可以系统地解决伪影并确认哪些关联是稳健的[10] - 通过将发现锚定在肽段水平确认上，Seer使蛋白质组学定位成为一门适用于群体研究的科学，以临床影响所需的严谨性支持药物靶点、生物标志物和转化医学[11]

涉及的行业或公司 * 公司为Seer (NasdaqGS:SEER) 其业务专注于蛋白质组学领域 提供名为Proteograph的产品套件 用于深度、无偏见的蛋白质组学分析 [3][4] * 行业涉及生命科学、诊断、医疗技术 特别是蛋白质组学研究和生物标志物发现领域 [3][8] 核心观点和论据 **平台性能与技术进步** * 公司在2025年6月发布了最新的Proteograph One检测方法和SP200仪器 该组合使客户能够以更低的成本（每个样本的成本显著低于2021年首次迭代的产品）获得深度、无偏见、快速且稳健的蛋白质组学分析 [4] * 新平台使通量增加 检测时间减少 成本降低 从而支持更大规模的研究 例如客户正在进行10,000至20,000样本量级的研究 [5][10] * 公司被选为美国国立卫生研究院一项价值5000万美元的多中心多组学研究的唯一蛋白质组学平台 该研究将对50,000个样本进行分析 [6][7] **市场采用与客户验证** * 客户发表论文数量加速增长 截至第三季度末已有66篇论文发表 其中仅第三季度就发表了13篇 超过一半的论文是自年初以来发表的 [7] * 仪器出货量显著增加 2025年前九个月出货近30台仪器 几乎是去年全年11台的三倍 其中三分之二是新推出的SP200和Proteograph One [10] * 公司衍生企业PrognomIQ利用其平台开发了基于蛋白质组学的液体活检测试 用于肺癌早期检测 并展示了优于同行数据 [8][9] **应用领域扩展** * 平台应用广泛 包括神经退行性疾病、肿瘤学、生物制造过程监控以及使用模型生物（如小鼠、猴子、狗）的大型动物健康研究 [11][12] * 平台能够识别被基于亲和力的方法遗漏的蛋白质亚型特异性生物标志物 这为发现疾病与健康之间的差异提供了可能 [18][19] **商业策略与合作伙伴关系** * 与赛默飞世尔的合作在第三季度实现了首次联合销售 两家公司的技术结合可使蛋白质检测深度提高约8-10倍（从约850个蛋白质提高到6,000-9,000个蛋白质） [25][26] * Seer技术访问中心和战略仪器投放计划等项目有效促进了平台采用 第三季度三分之二的仪器投放给了前技术访问中心客户 SIP计划约占上半年仪器投放的一半 [31][33] 其他重要内容 **财务状况与资本配置** * 公司第三季度末拥有约2.51亿美元现金 并重申了盈亏平衡的运营时间预期 [35] * 公司对资本管理持谨慎态度 尽管指引显示2025年收入约为1700万至1800万美元（较上年增长约24%）但公司认为这并非其对成长型公司的定义 目标是将收入规模扩大到约1亿美元以实现盈利 [37][39] * 公司持续评估收购机会以加速增长 但尚未发现符合触发条件的标的 [40] **未来展望** * 公司预测2026年将出现首个基于质谱的100,000样本量级研究 并且数万样本量的研究已被视为"试点项目" 预示着研究规模将继续扩大 [41][42] * 公司认为 从这些大规模研究中产生的生物学见解将是推动未来收入增长的关键 [42]

公司技术展示与行业影响 - 公司将在2025年人类蛋白质组组织世界大会上展示其深度、可扩展蛋白质组学技术如何变革人类疾病研究 [1] - 此次展示是公司技术迄今最全面的演示之一，包括超过十几场科学报告，其中两场受邀演讲和十六张海报 [2] - 公司首席执行官指出，蛋白质组学已进入可扩展性和相关性的新阶段，正从专项研究转向群体规模发现，实现分子洞察到临床转化的桥梁 [3] 专题研讨会重点 - 公司早餐研讨会主题为“心脏功能障碍和衰老相关衰退中的蛋白质组学突破”，将于2025年11月10日举行 [3] - 研讨会将重点展示深度血浆和组织蛋白质组学在心血管与衰老生物学中揭示疾病机制和临床相关生物标志物的应用 [4] - 美国国立卫生研究院杰出学者将分享通过小鼠血清深度蛋白质组分析发现衰老细胞引起身体功能障碍的旁分泌介质的研究 [4] - 多伦多大学高级研究员将展示对终末期心脏病患者配对心肌和血清样本的蛋白质组研究，该研究确定了右心室衰竭的候选生物标志物 [4] 科学报告与研究方向 - 科学报告涵盖使用公司技术平台与Thermo Scientific Orbitrap Astral质谱仪的可扩展血浆蛋白质组学工作流程 [5] - 研究主题包括通过深度蛋白质组分析鉴定左心室辅助装置患者右心室衰竭的生物标志物 [6] - 其他研究方向包括急性失代偿性心力衰竭中预测再入院风险的生物标志物、多癌症队列中的生物标志物发现拓展以及特发性肺纤维化中预测差异生存的替代蛋白质异构体生物标志物 [6][7][8] - 报告还涉及细胞外囊泡的超深度蛋白质组分析、定量DIA蛋白质组学的搜索引擎以及脑脊液蛋白质组学的富集和分析方法评估 [9][10]

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财务数据和关键指标变化 - 第三季度总收入为410万美元 同比增长2% 去年同期为400万美元 [5][22] - 第三季度产品收入为280万美元 服务收入为120万美元（其中包含30万美元的关联方收入） 其他收入为15.2万美元 [23] - 第三季度毛利润为210万美元 毛利率为51% 去年同期毛利润为190万美元 毛利率为48% [24] - 第三季度总运营费用为2150万美元 同比下降18% 去年同期为2630万美元 [25] - 第三季度研发费用为1080万美元 同比下降17% 销售、一般和行政费用为1070万美元 同比下降20% [25] - 第三季度净亏损为1820万美元 去年同期净亏损为2130万美元 [25] - 截至2025年9月30日的九个月内 自由现金流亏损为3510万美元 [26] - 截至第三季度末 公司拥有约2.51亿美元的现金、现金等价物和投资 [5][27] - 2025年全年收入指引维持在1700万至1800万美元之间 以中点计算较2024年全年增长24% 但预计实际收入可能处于指引区间的下半部分 [28] 各条业务线数据和关键指标变化 - 产品收入主要来自Proteograph仪器和消耗品试剂盒的销售 [23] - 服务收入主要来自Seer技术接入中心（STACC）的服务项目 [23] - 2025年前九个月的仪器出货量接近2024年全年出货量的三倍 [4][17] - 2025年出货的仪器中 超过一半是通过战略仪器投放计划（SIPP）完成的 其余为直接购买 [18] - 第三季度超过三分之二的仪器出货给了之前使用过STACC服务的客户 [19][24] - 与赛默飞世尔科技的合作伙伴关系取得进展 在第三季度完成了首笔联合销售 [19] 公司战略和发展方向和行业竞争 - 公司通过产品创新（如Proteograph One和SP200自动化仪器）提升通量 每周可处理超过1000个样本 精度提高 运行时间减少约30% [8] - 通过SIPP和STACC等项目降低客户使用门槛 推动平台采用 [18][19] - 与赛默飞世尔科技合作营销和销售Proteograph产品套件与Orbitrap Astral质谱仪 [19] - 公司认为Proteograph是唯一能够提供深度、规模和重现性以进行大规模深度无偏蛋白质组学研究的技术 [22] - 行业竞争方面 传统的靶向蛋白质组学方法无法解决蛋白质组的复杂性且易受表位效应影响 而质谱被视为金标准 [8][34] 管理层对经营环境和未来前景的评论 - 经营环境充满挑战 政府关税和研究资助政策的转变、资本支出限制以及政府停摆给客户带来了不确定性和预算压力 [5][28] - 尽管存在短期宏观压力 但管理层对Proteograph的价值主张信心增强 客户采用率提高 外部验证加速 [6][14] - 政府停摆若持续可能延迟第四季度的资助拨款 并影响部分仪器和消耗品出货 [29] - 长期前景乐观 预计大规模研究（如10万样本级别）将在2026年左右出现 生物洞察潜力巨大 [36] - 公司相信现有资金足以支撑其实现现金流盈亏平衡 [27] 其他重要信息 - 截至第三季度 公司已根据2024年5月授权的2500万美元股票回购计划回购了约2200万美元的A类普通股 净流通股总数减少了约14% [5][26] - 2025年Seer洞察资助计划收到88份申请 是去年的两倍多 并启动了针对转化研究人员的额外资助计划 [21] - 客户验证持续增长 迄今已有66份客户出版物、预印本和评论 其中近一半在今年发表 第三季度创下13份的新纪录 [10] - 公司技术在美国人类遗传学学会会议和即将召开的人类蛋白质组组织世界大会上均有展示 [15][17] 总结问答环节所有的提问和回答 问题: 能否提供与赛默飞世尔科技合作伙伴关系的最新情况 以及这是否预计将成为明年的重要收入驱动因素 [30] - 合作伙伴关系进展顺利 第三季度完成了两笔联合交易 正在共同推进多个机会 包括大型生物样本库项目 预计2026年将带来良好成果 [31] 问题: 未来进行更大样本量项目的潜力如何 存在哪些障碍 [30] - 在Proteograph推出前 深度蛋白质组学研究的样本量通常限于几十个 现在借助新技术 进行数万甚至数十万样本量的大型研究已成为可能 [33][34] - 客户（生物样本库）现在可以在传统靶向方法和质谱方法之间做选择 质谱是金标准 两者数据互补性强 [34][35] - 公司已与韩国大学合作开展2万样本研究 与Discovery Life Sciences合作开展1万样本研究 并正在与其他生物样本库讨论更大规模的研究 预计首个10万样本级别的质谱研究将在2026年左右出现 [35][36] 问题: 目前学术客户的趋势如何 在新财年支出是改善还是恶化 [36] - 由于政策、宏观经济以及资助不确定性等因素 今年对学术客户而言充满挑战 但公司平台的采用和验证势头强劲 第三季度客户出版物数量创纪录 [37] - 政府停摆导致学术支出几乎暂停 增加了不确定性 尽管客户兴趣浓厚 [38][39] - 今年前九个月 学术和政府客户贡献了约40%的收入 占比高于去年 但政府停摆导致客户暂时观望 [39][40] - 公司被一个获得NIH数千万美元资助的大型多组学研究联盟选为蛋白质组学平台供应商 这体现了技术获得的认可和强劲的长期势头 [40][41]

收入和利润表现 - 2025年第三季度总收入为412.1万美元，较2024年同期的403.2万美元仅增长2%[103] - 2025年第三季度服务收入为91.3万美元，较2024年同期的66.1万美元增长38%[103] - 2025年第三季度运营亏损为1934.6万美元，较2024年同期的2432.5万美元改善20%[103] - 2025年第三季度净亏损为1823.4万美元，较2024年同期的2132.8万美元减少15%[103] - 截至2025年9月30日的九个月，公司总收入为1.2377亿美元，较2024年同期的1.017亿美元增长2207万美元，增幅22%[110][111] - 公司产品收入为8372万美元，较2024年同期的6344万美元增长2028万美元，增幅32%；服务收入为2913万美元，较1751万美元增长1162万美元，增幅66%[110] - 公司运营亏损为6060.7万美元，较2024年同期的7661.3万美元改善1600.6万美元，减亏21%[110] - 净亏损为5760.6万美元，较2024年同期的6485.7万美元改善725.1万美元，减亏11%[110] - 截至2025年9月30日的九个月，公司净亏损为5760万美元，而2024年同期为6490万美元[95] 成本和费用控制 - 2025年第三季度研发费用为1079.7万美元，较2024年同期的1296.7万美元下降17%[103][107] - 2025年第三季度销售、一般及行政费用为1065.9万美元，较2024年同期的1329.6万美元下降20%[103][108] - 研发费用为3413.2万美元，较2024年同期的3796.6万美元减少383.4万美元，降幅10%，主要归因于分配成本、股权激励等项目的减少[110][113] - 销售、一般和行政费用为3275.7万美元，较2024年同期的4367.7万美元减少1092万美元，降幅25%，主要原因是股权激励费用减少730万美元[110][114] 其他收入与损失 - 2025年第三季度其他收入为113.6万美元，较2024年同期的299.7万美元下降62%[103][109] - 其他收入总额为317.4万美元，较2024年同期的1175.6万美元减少858.2万美元，降幅73%，主要由于权益法投资亏损及利息收入减少[110][115] 现金流状况 - 截至2025年9月30日的九个月，运营所用现金为3360万美元，而2024年同期为3470万美元[95] - 运营活动所用现金净额为3364.1万美元，较2024年同期的3465.2万美元略有改善，净亏损5760.6万美元被2410万美元的非现金费用部分抵消[121][123] - 投资活动提供现金净额为4857.2万美元，主要来自19.72亿美元的可供出售证券到期所得，并抵消了1.458亿美元的证券购买[121][125] - 融资活动所用现金净额为1071.1万美元，主要用于1010万美元的A类普通股回购[121][127] 财务状况概览 - 截至2025年9月30日，公司累计赤字为4.5亿美元，现金及投资总额为2.512亿美元[95]

业绩总结 - Q3 2025的收入为410万美元，同比增长2.5%[21] - 产品和服务收入为370万美元，同比增长2.8%[21] - Q3 2025的净亏损为1820万美元，较去年同期的2130万美元有所减少[21] - Q3 2025的运营费用为2150万美元，较去年同期的2630万美元显著下降[21] - 公司重申2025年全年收入指导为1700万至1800万美元，按中位数计算同比增长24%[23] 用户数据与市场表现 - 截至2025年9月30日，公司现金、现金等价物和投资总额约为2.51亿美元，且无债务[21] - 在2025年前九个月，公司回购了约100万股股票，总回购股份达到约1170万股，减少了约14%的流通股[22] 新产品与技术研发 - 新推出的Proteograph ONE工作流程使得样本处理能力翻倍，运行时间减少约30%至4.5小时[11] - Q3 2025是公司第三方出版物的创纪录季度，累计出版物和预印本达到66篇[17] 未来展望 - 公司预计2025年全年收入将达到1700万至1800万美元，按中位数计算同比增长24%[23]

收入和利润（同比环比） - 第三季度收入为410万美元，较去年同期的403万美元增长2%[4] - 前九个月总收入为1237.7万美元，去年同期为1017万美元[14] - 第三季度毛利润为210万美元，毛利率为51%[5] - 第三季度净亏损为1820万美元，去年同期为2130万美元[6] - 前九个月净亏损为5760.6万美元，去年同期为6485.7万美元[14] 各条业务线表现 - 第三季度产品收入为280万美元，服务收入为120万美元（其中关联方收入为30万美元）[4] 成本和费用（同比环比） - 第三季度运营费用为2150万美元，同比下降18%，主要受股权激励减少驱动[5] 管理层讨论和指引 - 2025年全年收入指引维持在1700万至1800万美元区间，中点预示较2024年增长24%[7] 运营指标 - 前九个月仪器发货量接近2024年全年总量的三倍[3] 其他财务数据 - 截至2025年9月30日，现金、现金等价物及投资总额约为2.512亿美元[6]

核心业绩摘要 - 2025年第三季度总收入为410万美元，较2024年同期的400万美元增长2% [3] - 第三季度净亏损为1820万美元，较2024年同期的2130万美元有所收窄 [5] - 截至2025年9月30日，现金、现金等价物和投资总额约为2.512亿美元 [5] 第三季度财务表现 - 产品收入为280万美元，主要来自Proteograph仪器和消耗品套件的销售 [3] - 服务收入为120万美元，其中包含30万美元的关联方收入 [3] - 毛利润为210万美元，毛利率为51% [4] - 运营费用为2150万美元，同比下降18%，主要受股权激励费用减少推动 [4] 运营亮点与业务进展 - Proteograph ONE工作流程需求强劲，2025年前九个月的仪器发货量接近2024年全年总发货量的三倍 [2] - 第三方出版物和预印本数量创下纪录，总计超过60篇，进一步验证了技术性能 [2][9] - 公司维持2025年全年收入指引，预计在1700万至1800万美元之间，中点代表较2024年增长24% [6] 资产负债表关键数据 - 总资产为3.086亿美元，总负债为3679万美元 [15][16] - 股东权益总额为2.718亿美元 [16] - 库存为813万美元，较2024年底的744万美元有所增加 [15]