公司与政府机构及生物科技公司的合作项目 - Ginkgo Bioworks与Deep Origin达成合作 共同参与由美国卫生高级研究计划局资助的为期4.5年的CATALYST项目 该项目旨在开发革命性的药物安全性计算平台[1] - 该合作项目名为PREDICTS 由ARPA-H健康科学未来任务办公室代理副主任Andy Kilianski博士领导[1] 公司在项目中的角色与技术平台 - Ginkgo将在项目中利用其“Datapoints”扰动反应分析平台 生成高质量、高通量、结构化的数据集以支持AI模型训练[2] - 生成的数据集将涵盖小分子药物和跨多种细胞及组织类型的遗传扰动 读数将包括细胞类型特异性毒性终点、DRUG-seq转录组学和细胞成像[2] - 公司高管表示 其高通量体外平台能够大规模生成数据 从而实现对组织和器官中多种不同细胞类型的详细建模[4] 合作的意义与公司业务重点 - 此次合作突显了Ginkgo致力于与创新的跨学科团队合作 并彰显了其在小分子药物可开发性分析领域大规模生成结构化数据方面的专长[4] - 公司业务涵盖Ginkgo研发解决方案、Ginkgo自动化、Ginkgo Datapoints和Ginkgo生物安全等多个板块 致力于构建使生物学更易于工程的工具[6] - Ginkgo Datapoints利用内部自动化技术生成大型实验室数据集 为AI模型提供动力[6]

演讲概述 - 公司总裁兼首席执行官Jeffrey Hawkins主持开场，介绍本次演讲议程 [1] - 演讲旨在阐述蛋白质组的复杂性及公司致力于解决的挑战 [1] - 内容将涵盖硬件路线图进展及化学技术方面的成果 [1] 技术研发重点 - Proteus项目是当前研发投入的主要部分，占研发投资的大部分 [1] - 公司对长期技术路线图有适度投资 [1] - Todd将介绍Proteus项目的现状、技术数据、性能飞跃的信心来源以及技术路线图展望 [1] 未来发展规划 - John将详细介绍实现20种氨基酸测序目标的路径及预计时间表 [2] - Brian将进行后续内容补充 [2]

网络研讨会概述 - 网络研讨会主题为“超越基因组：跨基质测量表观遗传修饰以用于生物标志物和药物发现” [2] - 研讨会由Volition公司赞助 [2] - 主讲人包括Helio Genomics公司的首席开发官Eric Ariazi以及Volition公司的研发总监Marielle Herzog [2] Volition公司介绍 - Volition是一家跨国公司 在全球拥有同事 并在比利时设有一个研发实验室和服务机构 在美国圣地亚哥设有一个实验室 [4] - 公司的使命是稳定并改善全球数百万人的健康结局 [4] 核心技术背景 - 核小体是染色质的基本结构单元 在将DNA压缩成染色体并使基因组能装入细胞核方面扮演关键角色 [5]

合作进展 - 公司宣布与Tryptomics的战略合作进入第二阶段 [1] - 合作将公司的专利Mushroom Accelerator™平台与Tryptomics的现场科学服务及合同研发代谢组学管道相结合 [1] - 合作旨在开发公司专有的生物反应器优化菌种品种 [1] 合作影响 - 合作将加速研发周期 [1] - 合作将推动家庭化、制药级蘑菇健康产品的未来发展 [1] - 合作将为公司提供黄金标准的质保测试 [1]

公司进展与未来方向 - ZIVO Bioscience公司宣布在业务发展方面取得重大进展 [1] - 公司董事长、总裁兼首席执行官John B Payne向股东发布重要更新信函 [1] - 更新内容包括对激动人心的未来方向的展望 [1] 公司业务与产品 - ZIVO Bioscience是一家生物技术和农业科技研发公司 [1] - 公司致力于从专有藻类培养物中开发治疗和营养产品 [1]

诉讼案件背景 - 联邦法院授权发布关于Ginkgo Bioworks衍生诉讼的和解通知 案件编号为4:23-cv-02077-KAW和4:23-cv-05396-KAW 由加利福尼亚北部地区法院奥克兰分院审理 [1][2][5] - 诉讼由股东Weining Hu和Eric Bowers代表公司提起 被告包括Eli Baker和Jason Kelly等公司高管 公司作为名义被告 [1][2][3][4] 和解协议核心条款 - 被告保险公司将向公司支付412.5万美元和解金额 在法院判决后30天内完成支付 [5] - 公司董事会需在3年内实施全面的公司治理和监督改革 包括终止特定合同并加强内部控制 [6] - 和解协议日期为2025年5月27日 记录日期为2025年5月27日收盘时持有公司普通股的股东均属通知范围 [5] 董事会立场与听证安排 - 公司董事会认为和解条款公平合理 符合公司及股东最佳利益 独立非被告董事基于商业判断批准该和解 [7] - 和解听证会定于2025年12月18日太平洋时间下午1:30举行 地点为加州奥克兰联邦法院或通过远程方式 [9] - 法院将裁决是否批准和解协议 是否同意支付275万美元律师费用（含每位原告2000美元服务奖励） [8][10] 股东权利与程序要求 - 股东若反对和解需在2025年12月4日前提交书面异议 需包含案件信息、持股证明及具体反对理由 [11][16] - 未按规定提出异议的股东将被视为放弃反对权利 并受法院最终判决约束 [13] - 股东可通过公司投资者关系网站查看完整和解协议条款及法律文件 [14]

核心观点 - 公司决定终止用于病毒载体制造的光化学裂解技术开发 主要基于在小型台式生物反应器中未能实现2025年提高产量的目标 这构成进一步开发的关键风险降低里程碑[1] - 公司现金状况为1360万挪威克朗 预计维持运营至2025年第四季度 但存在持续经营重大不确定性 正在评估包括出售、合并或完全停止运营在内的未来选项[4] 技术开发进展 - 尽管基于2024年中期报告和年度报告的进展报告 公司采取了额外措施展示光化学裂解技术在端到端过程中提高净AAV产量的能力 但迄今未获得令人信服的结果[2] - 进展不足延长了项目时间表并增加了资源需求 导致整体项目风险升至不可接受水平[3] 财务状况与未来规划 - 截至2025年6月底 公司现金头寸为1360万挪威克朗 预计资金可维持运营至2025年第四季度[4] - 公司无法保证获得额外融资 存在对持续经营能力的重大疑虑 正在评估潜在出售、合并或完全停止运营等未来选项[4]

公司活动安排 - 公司计划于2025年8月7日美国东部时间下午5:30举办第二季度业绩说明会及问答环节 重点回顾截至2025年6月30日的季度业务表现 [1] 投资者参与方式 - 演示详情与网络直播链接将通过公司投资者关系网站https://investors.ginkgobioworks.com发布 并提供回放服务 [2] - 投资者可通过X平台@Ginkgo账号（标签GinkgoResults）或电子邮件[email protected]提前提交问题 [2] 公司业务架构 - 公司核心业务为细胞编程与生物安全平台建设 主要提供生物工程工具开发服务 [3] - 研发解决方案部门提供蛋白质工程、核酸设计和无细胞系统等定制化研发包 加速治疗、诊断及制造领域创新 [3] - 自动化部门销售模块化实验室集成系统 帮助科学家减少实验室手动操作时间 [3] - 数据部门通过内部自动化系统生成大型实验室数据集 为人工智能模型提供训练数据 [3] - 生物安全部门致力于开发生物威胁预测、检测和响应技术 为全球领导者提供新一代基础设施 [3]

教育背景与投资目标 - 分析师及其配偶均拥有牛津大学博士学位 分别专注于细胞生理学和生物有机化学领域 [1] - 长期投资目标为可持续财富增长 重点关注生物科技研发领域的投资机会 [1] 投资领域与内容定位 - 研究内容聚焦生物科技行业 特别是研发密集型生物技术公司 [1] - 分析报告旨在为读者提供独立研究参考 不构成任何形式的投资建议 [1] 持仓披露 - 分析师当前通过股票或衍生品持有QURE公司的多头头寸 [1] - 研究内容完全基于独立观点 未接受任何第三方机构的经济补偿 [1]

财务数据和关键指标变化 - 2024年第四季度总运营费用为2000万美元，与2023年第四季度大致持平，比上一季度高出90万美元 [35] - 2024年第四季度研发费用为1280万美元，上一年同期为1250万美元；一般及行政费用为720万美元，上一年同期为750万美元 [36] - 2024年第四季度净亏损为1760万美元，上一年同期为1700万美元；2024财年运营费用为8150万美元，较2023财年的7620万美元增加530万美元，增幅7% [36] - 2024财年净亏损为7080万美元，较2023财年的6370万美元增加11% [37] - 2024年底公司现金、现金等价物和投资约为2.06亿美元，上一年底为2.64亿美元 [39] - 公司预计2025财年总运营费用将处于或低于2024年水平 [39] - 公司预计现金可维持到2027年 [40] 各条业务线数据和关键指标变化 蛋白质组分析平台 - 公司原计划推出蛋白质组分析平台，现预计于2026年底推出 [7][29] 蛋白质组发现 - 公司开发出大量能结合人类蛋白质组表位的探针，对大量探针进行超深度表征以定义详细结合曲线和动力学，并通过蛋白质印迹证明这些探针能成功结合并区分蛋白质，结果与结合模型高度相关 [11] 蛋白质异构体分析 - 在2024年10月的世界人类蛋白质组组织会议上，公司分享了世界上首个对可能与阿尔茨海默病相关的tau蛋白质异构体生物变异的定量测量数据，引发了与潜在合作伙伴的深入讨论 [12] - 在本周的美国人类蛋白质组组织会议上，公司展示了高分辨率单分子tau蛋白质异构体分析方法，可量化tau蛋白质异构体的分子异质性，具有高精度和重现性，动态范围超过三个数量级，能精确测量类器官模型系统中特定tau异构体和磷酸化水平，以及首次测量神经元模型系统和人类大脑之间的tau蛋白质异构体谱，可用于揭示阿尔茨海默病病理标志物 [16] 公司战略和发展方向和行业竞争 - 公司目标是让蛋白质组学研究人员以前所未有的深度和广度研究整个蛋白质组，使高分辨率、高质量数据的创建、获取和使用变得简单，以加速科学研究、发现新生物标志物、推动新疗法和诊断测试的开发，从而改善人类健康 [7] - 公司将专注于降低技术风险，推出性能最佳的产品，为此对分析配置、表面化学和相关平台元素进行修改，这将使平台推出时间推迟到2026年底 [7][29] - 2025年上半年公司的主要目标包括为领先研究人员提供平台用于tau蛋白质异构体相关研究、创建并公布展示tau蛋白质异构体分析性能特征的数据、签署至少一项与tau相关的合作伙伴关系、解码更多蛋白质并分享展示蛋白质组分析性能特征的数据 [30][31][32] - 公司认为其平台在测量蛋白质异构体方面具有独特优势，是唯一能从复杂样本中高通量、高灵敏度测量蛋白质异构体的商业平台，可揭示阿尔茨海默病发生过程中的事件顺序和时间、揭示潜在的亚结构和亚型、区分不同患者的疾病进展情况 [89] - 公司通过裁员约16%来调整运营计划和组织结构，以确保有足够资源实现发展目标并延长现金使用期限 [33] 管理层对经营环境和未来前景的评论 - 公司对延迟推出平台感到失望，但对收集到的大量数据感到鼓舞，这些数据表明公司的探针库能够成功实施蛋白质识别方法，从而解锁蛋白质组 [26] - 公司致力于严格的财务管理，相信这将在短期和长期内使公司受益 [41] - 公司对未来充满期待，相信平台将在生物科学领域产生重大影响，其改善全球人类健康和生活的使命不变 [42] 其他重要信息 - 公司提醒管理层在电话会议中的陈述属于前瞻性声明，涉及重大风险和不确定性，实际结果可能与预期存在重大差异 [4] - 公司不承担更新或修改前瞻性声明的义务，除非法律要求 [5] 问答环节所有提问和回答 问题: 请详细说明修改分析配置和表面化学的计划，目前面临的具体问题以及这些更改对平台初始规格和后续套件规格改进计划的影响 - 分析涉及多个组件，目标是促进亲和试剂与含目标表位的蛋白质特异性结合，并区分非特异性结合。影响因素包括探针的荧光标记方式、表面化学性质等。优化这些因素可提高探针与分析的匹配度，增加现有和待开发标记探针成为平台可用探针的可能性 [48][49][52] - 分析配置更改旨在提高已开发和正在开发的探针的利用率，以实现更高的蛋白质组覆盖度。额外的开发时间将使平台在动态范围、灵敏度、仪器可靠性等方面更接近或超过发布规格 [52][53] 问题: 分析配置或表面化学的计划更改是否会影响平台或耗材的成本结构，100万美元的捆绑定价是否仍然适用 - 这些更改对成本结构无负面影响，甚至可能在耗材成本方面产生积极影响。公司预计定价与之前的指导大致相符，仪器交易（包括仪器、软件、服务和支持）约为100万美元，样品成本将根据产品配置而定，可能从每个样品几千美元开始，并随时间下降 [55] 问题: 表面化学是否应适用于所有蛋白质，为何tau蛋白质适用的表面化学需要针对不同蛋白质进行优化；荧光标记到抗体Fc区域的过程为何需要优化 - 表面化学在蛋白质固定到芯片的过程中是相同的，但在标记策略、循环次数和缓冲液等方面，荧光部分与表面的相互作用会影响特异性和非特异性结合。不同缓冲液、温度和测量时间等因素都会导致这种差异 [65][66] - 虽然荧光标记是成熟方法，但公司需要能够进行多次重复测量，因此要优化荧光标记以保持每次测量的特异性结合，进一步改进配置将有助于更多探针实现更好的区分效果 [67] 问题: 如何确保优化措施在大规模应用时具有特异性 - 优化主要针对标记探针与蛋白质之间的相互作用，这基于基本的结合物理原理，如增加浓度会增加结合程度，增加测量前的时间会减少结合量。这些基本动力学原理适用于所有蛋白质 [70][71] 问题: 请回顾2025年及可能到2026年的关键里程碑和时间节点，是否有市场可关注的检查点以判断公司是否达到预期 - 平台有两种模式，蛋白质异构体检测模式目前主要关注tau蛋白质，2025年上半年公司将为研究人员提供平台用于tau蛋白质异构体相关研究，全年将继续展示和发布相关性能数据，并预计在上半年签署首个与tau相关的合作伙伴关系 [79][80][81] - 蛋白质组发现模式的重要里程碑是能够从细胞裂解物中解码大量蛋白质（500、1000、2000种）。在此之前，公司将通过解码预定义的蛋白质混合物等中间里程碑逐步推进，并在过程中分享相关数据 [83][85][86] 问题: 从目前成果来看，公司tau蛋白质平台的性能与其他领先平台相比如何 - 公司平台是唯一能从复杂样本中高通量、高灵敏度测量蛋白质异构体的商业平台，可揭示tau蛋白质异构体的多种修饰情况，这是其他平台所不具备的能力。此外，公司平台在动态范围和重现性方面表现出色，动态范围可达三个数量级以上，重现性CV值远低于20%，且能检测到其他平台无法检测的分析物 [89][90][92] 问题: 2026年底的发布时间是针对蛋白质组发现和蛋白质异构体分析两个平台，还是两者时间不同 - 蛋白质组发现平台计划于2026年底商业发布，之后主要销售仪器、耗材、软件服务和支持，并提供一些服务能力作为购买仪器的过渡和突发容量支持 [97] - 蛋白质异构体分析平台将通过与组织合作的方式进行，目前公司正在与多家组织就tau蛋白质异构体分析进行合作讨论，分析将在公司设施内进行，公司将与客户合作并返回结果，未来还将增加其他生物标志物 [99][100] 问题: 2025年上半年向研究人员提供蛋白质异构体分析平台的访问权限，发布时间的延迟是否会影响早期访问计划，以及与仪器投放的关系 - 早期访问期约在蛋白质组发现平台商业发布前六到九个月，目的是让潜在客户使用预生产的平台分析自己的样本，以生成数据、激发兴趣并促使他们在商业发布时下单购买仪器。因此，商业发布时间为2026年底，早期访问期将在其前六到九个月开始 [103][104]