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苹果掀桌,扔掉AlphaFold核心模块,开启蛋白折叠「生成式AI」时代
36氪· 2025-09-27 23:59
蛋白质折叠,一直是计算生物学中的一个核心难题,并对药物研发等领域产生着深远影响。 若把蛋白质折叠类比为视觉领域的生成模型,氨基酸序列相当于「提示词」,模型输出则是原子的三维坐标。 受此思维启发,研究人员构建了一个基于标准Transformer模块与自适应层的通用且强大的架构——SimpleFold。 论文地址:https://arxiv.org/abs/2509.18480 SimpleFold和AlphaFold2等经典的蛋白质折叠模型有哪些不同? AlphaFold2、RoseTTAFold2通过融合复杂且高度专业化的架构,如三角更新、成对表示、多序列比对(MSA)。 这些设计往往是将我们对结构生成机制的已有理解「硬编码」到模型中,而不是让模型自己从数据中学习生成方式。 SimpleFold则提出了一种全新思路: 没有三角更新、成对表示,也不需要MSA,而是完全基于通用Transformer和流匹配(flow-matching),能够直接将蛋白质序列映射为完整的三维原子结 构(见图1)。 SimpleFold 首个基于Transformer模块的蛋白折叠模型 流匹配把生成视作一段随时间推进的旅程,用常微分 ...
苹果发布轻量AI模型SimpleFold,大幅降低蛋白质预测计算成本
环球网资讯· 2025-09-25 02:49
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