文章核心观点 - 一项发表在《自然·遗传学》的大型全基因组关联研究（GWAS）提供了迄今为止最有力的证据，表明基于质谱的验证对于将基因组信号转化为可靠的药物靶点和临床生物标志物至关重要[1] - 该研究使用Seer公司的Proteograph产品套件，在肽段水平上测量蛋白质并绘制其遗传决定因素，发现若不进行质谱验证，基于亲和力检测方法报告的蛋白质-基因关联中多达三分之一无法复现，凸显了蛋白质组学中准确性的必要性[1] 研究设计与规模 - 分析包含约1,600个代表多种族背景的血液样本，其中1,260个样本作为发现队列，325个样本作为独立复制队列[2] - 在这些样本中，共检测到5,753种蛋白质，其中1,980种在至少80%的参与者中被量化[2] 研究发现与遗传关联 - 研究人员从数据中识别出364个蛋白质数量性状基因座（pQTLs），其中102个在独立队列中成功复制[3] - 在复制的信号中，有35个是此前未报道过的，扩展了蛋白质遗传调控的目录[3] 技术对比与准确性验证 - 研究将质谱结果与两个最大的基于亲和力的蛋白质组学资源进行比较，揭示了明确模式[6] - 在多个亲和力平台上一致报告的pQTLs得到了质谱的确认[7] - 由单一亲和力平台报告的关联中，多达三分之一在质谱测试中无法复现[7] 技术优势与原理 - 传统的亲和试剂方法在测量大群体中预定的蛋白质组时，当蛋白质改变性遗传变异改变了亲和试剂的结合位点，会产生错误的信号（即表位效应）[4] - Seer的Proteograph质谱方法通过在肽段水平直接测量蛋白质，能够测试遗传变异是否真正改变了蛋白质表达，从而减少了混淆的表位效应[5] - 该平台使得进行具有遗传关联研究所需深度和可重复性的大规模群体质谱蛋白质组学成为可能[6] 对下游研究的意义 - 对于进行GWAS和孟德尔随机化研究的学术研究者而言，仅基于亲和试剂构建的数据集可能包含相当一部分不代表真实蛋白质丰度的关联，若无验证，下游分析可能从表位效应导致的假象中得出因果推论[6] - 对于药物发现和生物标志物开发，肽段水平的验证增强了所选靶点代表真实生物学而非技术噪音的信心，可靠的关联减少了浪费的努力，并增加了临床前发现在临床环境中成立的可能性[9] - 对于转化研究，该研究展示了质谱和亲和试剂如何结合使用，质谱可对基于亲和力的预测的可靠性水平进行分层[9] 行业影响与公司定位 - 这项研究标志着验证阶段的完成，为质谱能够系统性地解析假象并确认哪些关联是稳健的提供了同行评议证据[10] - 随着蛋白质组学扩展到更大人群并与基因组学、流行病学和临床记录整合，这些数据集的效用取决于准确性[11] - 通过将发现锚定在肽段水平的确认上，Seer将蛋白质组学定位为一种可用于群体研究的科学，以临床影响所需的严谨性支持药物靶点、生物标志物和转化医学[11] - Seer公司的Proteograph产品套件集成了专有的工程纳米颗粒、简化的自动化仪器、优化的耗材和先进的分析软件，以解决传统方法未能克服的挑战[12]

研究核心发现 - 一项发表在《自然·遗传学》的大型全基因组关联研究提供了迄今为止最有力的证据，表明质谱验证对于将基因组信号转化为可靠的药物靶点和临床生物标志物至关重要[1] - 研究使用Seer的Proteograph产品套件，在肽段水平测量蛋白质并绘制其遗传决定因素，发现若无质谱验证，基于亲和力检测方法报告的蛋白质-基因关联中多达三分之一无法复现[1] 研究方法与规模 - 分析包含约1,600个代表多种族背景的血样样本，其中1,260个为发现队列，325个为独立复制队列[2] - 在这些样本中，共检测到5,753种蛋白质，其中1,980种在至少80%的参与者中被量化[2] - 研究人员从中识别出364个与蛋白质丰度相关的蛋白质数量性状基因座遗传变异，其中102个在独立队列中复现，35个复现信号是此前未报告的[3] 技术对比与优势 - 传统的亲和试剂方法在测量大群体中预定的蛋白质组时，当蛋白质改变性遗传变异改变亲和试剂的结合位点时，会产生错误信号，即“表位效应”[4] - Seer的Proteograph质谱方法通过在肽段水平直接测量蛋白质，能够测试遗传变异是否真正改变了蛋白质表达，从而减少了混淆的表位效应[5] - 研究将质谱结果与两个最大的基于亲和力的蛋白质组学资源进行比较，发现仅在单一亲和平台上报告的关联中，多达三分之一在质谱测试中无法复现[6][7] - 而跨多个亲和平台一致报告的pQTLs则得到了质谱的确认[7] 对行业研究的意义 - 对于进行GWAS和孟德尔随机化研究的学术研究者而言，仅基于亲和试剂构建的数据集可能包含相当一部分不代表真实蛋白质丰度的关联，未经验证的下游分析存在从表位效应伪影中得出因果推论的风险[6] - 对于药物发现和生物标志物开发，肽段水平的验证增强了所选靶点代表真实生物学而非技术噪音的信心，可靠的关联减少了浪费，并增加了临床前发现在临床环境中成立的可能性[9] - 对于转化研究，该研究展示了质谱和亲和试剂如何结合使用，质谱可对基于亲和力的预测的可靠性水平进行分层[9] 公司技术与定位 - Seer的Proteograph平台使得能够以遗传关联研究所需的深度和可重复性进行群体规模的质谱蛋白质组学分析[6] - 通过提供大规模的肽段水平确认，Proteograph建立的蛋白质测量可带来新的遗传关联，并有助于注释基于亲和力的pQTL预测的准确性[6] - 该研究标志着验证阶段，提供了经过同行评审的证据，证明质谱可以系统地解决伪影并确认哪些关联是稳健的[10] - 通过将发现锚定在肽段水平确认上，Seer使蛋白质组学定位成为一门适用于群体研究的科学，以临床影响所需的严谨性支持药物靶点、生物标志物和转化医学[11]

涉及的行业或公司 * 公司为Seer (NasdaqGS:SEER) 其业务专注于蛋白质组学领域 提供名为Proteograph的产品套件 用于深度、无偏见的蛋白质组学分析 [3][4] * 行业涉及生命科学、诊断、医疗技术 特别是蛋白质组学研究和生物标志物发现领域 [3][8] 核心观点和论据 **平台性能与技术进步** * 公司在2025年6月发布了最新的Proteograph One检测方法和SP200仪器 该组合使客户能够以更低的成本（每个样本的成本显著低于2021年首次迭代的产品）获得深度、无偏见、快速且稳健的蛋白质组学分析 [4] * 新平台使通量增加 检测时间减少 成本降低 从而支持更大规模的研究 例如客户正在进行10,000至20,000样本量级的研究 [5][10] * 公司被选为美国国立卫生研究院一项价值5000万美元的多中心多组学研究的唯一蛋白质组学平台 该研究将对50,000个样本进行分析 [6][7] **市场采用与客户验证** * 客户发表论文数量加速增长 截至第三季度末已有66篇论文发表 其中仅第三季度就发表了13篇 超过一半的论文是自年初以来发表的 [7] * 仪器出货量显著增加 2025年前九个月出货近30台仪器 几乎是去年全年11台的三倍 其中三分之二是新推出的SP200和Proteograph One [10] * 公司衍生企业PrognomIQ利用其平台开发了基于蛋白质组学的液体活检测试 用于肺癌早期检测 并展示了优于同行数据 [8][9] **应用领域扩展** * 平台应用广泛 包括神经退行性疾病、肿瘤学、生物制造过程监控以及使用模型生物（如小鼠、猴子、狗）的大型动物健康研究 [11][12] * 平台能够识别被基于亲和力的方法遗漏的蛋白质亚型特异性生物标志物 这为发现疾病与健康之间的差异提供了可能 [18][19] **商业策略与合作伙伴关系** * 与赛默飞世尔的合作在第三季度实现了首次联合销售 两家公司的技术结合可使蛋白质检测深度提高约8-10倍（从约850个蛋白质提高到6,000-9,000个蛋白质） [25][26] * Seer技术访问中心和战略仪器投放计划等项目有效促进了平台采用 第三季度三分之二的仪器投放给了前技术访问中心客户 SIP计划约占上半年仪器投放的一半 [31][33] 其他重要内容 **财务状况与资本配置** * 公司第三季度末拥有约2.51亿美元现金 并重申了盈亏平衡的运营时间预期 [35] * 公司对资本管理持谨慎态度 尽管指引显示2025年收入约为1700万至1800万美元（较上年增长约24%）但公司认为这并非其对成长型公司的定义 目标是将收入规模扩大到约1亿美元以实现盈利 [37][39] * 公司持续评估收购机会以加速增长 但尚未发现符合触发条件的标的 [40] **未来展望** * 公司预测2026年将出现首个基于质谱的100,000样本量级研究 并且数万样本量的研究已被视为"试点项目" 预示着研究规模将继续扩大 [41][42] * 公司认为 从这些大规模研究中产生的生物学见解将是推动未来收入增长的关键 [42]

公司技术展示与行业影响 - 公司将在2025年人类蛋白质组组织世界大会上展示其深度、可扩展蛋白质组学技术如何变革人类疾病研究 [1] - 此次展示是公司技术迄今最全面的演示之一，包括超过十几场科学报告，其中两场受邀演讲和十六张海报 [2] - 公司首席执行官指出，蛋白质组学已进入可扩展性和相关性的新阶段，正从专项研究转向群体规模发现，实现分子洞察到临床转化的桥梁 [3] 专题研讨会重点 - 公司早餐研讨会主题为“心脏功能障碍和衰老相关衰退中的蛋白质组学突破”，将于2025年11月10日举行 [3] - 研讨会将重点展示深度血浆和组织蛋白质组学在心血管与衰老生物学中揭示疾病机制和临床相关生物标志物的应用 [4] - 美国国立卫生研究院杰出学者将分享通过小鼠血清深度蛋白质组分析发现衰老细胞引起身体功能障碍的旁分泌介质的研究 [4] - 多伦多大学高级研究员将展示对终末期心脏病患者配对心肌和血清样本的蛋白质组研究，该研究确定了右心室衰竭的候选生物标志物 [4] 科学报告与研究方向 - 科学报告涵盖使用公司技术平台与Thermo Scientific Orbitrap Astral质谱仪的可扩展血浆蛋白质组学工作流程 [5] - 研究主题包括通过深度蛋白质组分析鉴定左心室辅助装置患者右心室衰竭的生物标志物 [6] - 其他研究方向包括急性失代偿性心力衰竭中预测再入院风险的生物标志物、多癌症队列中的生物标志物发现拓展以及特发性肺纤维化中预测差异生存的替代蛋白质异构体生物标志物 [6][7][8] - 报告还涉及细胞外囊泡的超深度蛋白质组分析、定量DIA蛋白质组学的搜索引擎以及脑脊液蛋白质组学的富集和分析方法评估 [9][10]

核心业绩摘要 - 2025年第三季度总收入为410万美元，较2024年同期的400万美元增长2% [3] - 第三季度净亏损为1820万美元，较2024年同期的2130万美元有所收窄 [5] - 截至2025年9月30日，现金、现金等价物和投资总额约为2.512亿美元 [5] 第三季度财务表现 - 产品收入为280万美元，主要来自Proteograph仪器和消耗品套件的销售 [3] - 服务收入为120万美元，其中包含30万美元的关联方收入 [3] - 毛利润为210万美元，毛利率为51% [4] - 运营费用为2150万美元，同比下降18%，主要受股权激励费用减少推动 [4] 运营亮点与业务进展 - Proteograph ONE工作流程需求强劲，2025年前九个月的仪器发货量接近2024年全年总发货量的三倍 [2] - 第三方出版物和预印本数量创下纪录，总计超过60篇，进一步验证了技术性能 [2][9] - 公司维持2025年全年收入指引，预计在1700万至1800万美元之间，中点代表较2024年增长24% [6] 资产负债表关键数据 - 总资产为3.086亿美元，总负债为3679万美元 [15][16] - 股东权益总额为2.718亿美元 [16] - 库存为813万美元，较2024年底的744万美元有所增加 [15]

财务报告安排 - 公司将于2025年11月6日报告2025年第三季度财务业绩 [1] - 管理层将于太平洋时间下午1:30（东部时间下午4:30）举行网络直播电话会议 [1] 投资者关系信息 - 网络直播音频可在公司官网投资者关系板块获取 [2] - 活动结束后网站将提供存档回放 [2] 公司业务与技术定位 - 公司是深度、无偏蛋白质组学洞察领域的先驱和值得信赖的合作伙伴 [1][3] - 公司的Proteograph产品套件整合了专有工程纳米颗粒、自动化仪器、优化耗材和先进分析软件 [3] - 技术旨在解决传统方法未能克服的挑战，传统蛋白质组技术存在数据不一致、通量有限和复杂性过高等问题 [3] - 公司的工作流程具有稳健性和可扩展性，能持续揭示其他方法无法发现的生物学见解 [3]

合作公告核心 - RetinalGenix Technologies Inc (OTCQB: RTGN) 宣布与领先的生命科学公司Seer, Inc (Nasdaq: SEER) 建立合作 [1] - 合作旨在整合RetinalGenix的超高分辨率视网膜成像平台与Seer Bio的先进蛋白质组学分析技术 [2] - 目标是发现与疾病发作、进展和风险相关的分子和细胞特征，从而实现对疾病的早期检测和更精确的监测 [1][2] 合作细节与目标 - 合作将针对一系列关键疾病，包括阿尔茨海默病、帕金森病、糖尿病视网膜病变和心血管疾病 [2] - 根据协议，RetinalGenix已委托Seer Bio进行旨在加速诊断创新的研发和临床验证项目 [3] - 该联合方法旨在推动早期检测解决方案在临床和家庭护理环境中更广泛的部署，以改善患者预后并降低医疗成本 [3] 技术整合与战略愿景 - 合作重点是将超高分辨率视网膜成像与先进的分子生物标志物分析相结合，以快速识别和表征眼部及全身的疾病特征 [4] - 目标是建立全面的生物标志物图谱，不仅支持早期检测和更好的疾病监测，还为退行性和代谢性疾病创建预测建模的途径 [4] - 此次合作强调了两家公司的共同愿景：通过成像与蛋白质组学的融合，改变早期疾病检测，开启个性化精准医疗和诊断护理的新时代 [4] 公司背景介绍 - Seer, Inc (Nasdaq: SEER) 是深度、无偏蛋白质组学领域的标准制定者，其Proteograph产品套件整合了专有工程纳米颗粒、自动化仪器、优化耗材和先进分析软件 [5] - RetinalGenix是一家眼科研发公司，旨在通过整合基因筛查、先进成像和治疗开发来革新早期疾病检测，其专有技术包括高分辨率视网膜成像和RetinalGenix DNA/RNA/GPS药物遗传图谱技术 [6] - RetinalGenix同时也在开发用于干性年龄相关性黄斑变性和阿尔茨海默病/痴呆的治疗性药物 [6]

公司动态 - 公司宣布将参加2025年10月14日至18日在波士顿举行的美国人类遗传学学会年会 [1] - 公司将在年会期间主办一场特色CoLab会议，并参与多场科学报告 [1] - 公司首席执行官Omid Farokhzad表示，许多研究人员选择其平台来建立关联和发现 [5] 技术平台与应用 - Proteograph产品套件是转化多组学研究的关键组成部分，能够分析蛋白质异构体特异性生物标志物 [1] - 该平台使研究人员能够将基因组数据转化为生物学和临床见解 [1] - 多个独立研究小组将展示使用该技术平台的研究成果，反映其在全球学术和临床机构中的采用率日益增长 [4] - 该平台提供的蛋白质组数据可以澄清和增强先前基于亲和力方法的发现，并与基因组数据集整合以进行疾病发现 [4] 行业趋势与前景 - 人类遗传学研究日益从序列转向功能，蛋白质组学正成为基因组学的重要补充，以理解疾病生物学和加速精准医疗 [1] - 蛋白质组学在基因组学研究人员中的重要性正在迅速提升 [5] - 通过大规模、无偏见的深度蛋白质组学使研究人员能够将遗传变异与生物功能联系起来，将有助于开启精准医疗的新阶段 [5]

公司治理变动 - 公司任命Isaac Ro加入董事会[1] - 董事会主席兼首席执行官Omid Farokhzad表示新董事具备金融领导力和生命科学工具、诊断及医疗生态系统的深厚行业经验[2] - Isaac Ro认为公司已构建令人印象深刻的创新引擎并具备显著发展潜力[2] 新任董事背景 - Isaac Ro现任Catalio Capital Management合伙人 主导多项突破性生命科学公司的风险投资和私人信贷投资[2] - 目前担任PinkDx和PrognomiQ董事会成员[2] - 曾担任Haystack Oncology执行董事长 领导公司于2023年被Quest Diagnostics成功收购[2] - 曾任Sema4（NASDAQ: WGS）首席财务官 指导公司完成2021年公开上市及对GeneDx的收购[2] - 曾任Thrive Earlier Detection首席财务官 领导公司推出并于2020年出售给Exact Sciences[2] - 2010至2019年在高盛领导美国医疗技术和生命科学工具股票研究团队 此前在Leerink Partners担任类似职务[2] 公司业务定位 - 公司致力于深度无偏蛋白质组学领域 提供规模化、快速、精确且可重复的洞察力[4] - Proteograph产品套件整合专有工程纳米粒子、自动化仪器、优化耗材和先进分析软件[4] - 传统蛋白质组技术存在数据不一致、通量有限和复杂性过高的问题 而公司的工作流程具有鲁棒性和可扩展性优势[4] - 公司产品目前仅用于研究用途 不适用于诊断程序[4]

公司动态 - 公司将于2025年9月9日美东时间12:20/美西时间9:20参与摩根士丹利第23届全球医疗健康大会的炉边谈话环节 [1][2] - 会议实况将通过公司官网投资者栏目进行网络直播 会后提供存档回放 [2] 业务定位 - 公司是深度无偏蛋白质组学洞察领域的先驱和可靠合作伙伴 专注于提供规模、速度、精度和可重复性此前无法实现的解决方案 [3] - 公司开发的Proteograph产品套件整合了专有工程纳米粒子、自动化仪器、优化耗材及先进分析软件 解决了传统方法难以克服的技术挑战 [3] 技术优势 - 传统蛋白质组学技术存在数据不一致、通量有限和操作复杂等局限性 而公司的工作流程具有稳健性和可扩展性 能够持续揭示其他方法无法发现的生物学洞察 [3] - 公司产品目前仅用于研究用途 不适用于诊断程序 [3]