空间转录组学技术现状与挑战 - 现有技术分为空间捕获/标记技术和基于图像的技术两大类 [3] - 空间捕获技术可实现全基因组转录本覆盖但空间分辨率较低且无法保留细胞形态 [3] - 基于图像技术可实现单分子空间分辨率并保持细胞形态但转录组覆盖率低 [3] - 两类方法存在"鱼与熊掌不可兼得"的困境阻碍精细空间尺度的无偏倚全局转录组分析 [3] RAEFISH技术突破性特点 - RAEFISH是一种基于图像的空间转录组学新方法由耶鲁大学团队开发 [4] - 该方法具备全基因组覆盖范围可检测小鼠22000个基因和人类23000个基因 [4] - 实现完整组织中的单分子分辨率可精确定位单个RNA分子在细胞内的位置 [4] - 首次解决现有技术转录组覆盖率和空间分辨率只能二选一的困境 [4] RAEFISH技术应用与验证 - 在单细胞和组织切片中对23000个人类基因或22000个小鼠基因转录本进行空间分析 [5] - 分析结果揭示转录本特异性亚细胞定位和细胞类型特异性分区依赖性转录组 [5] - 展示偏好性细胞间相互作用的基因程序 [5] - 该技术可用于基于图像的高内涵CRISPR筛选中直接读取gRNA的空间信息 [5] RAEFISH技术的行业影响 - 能够对长链/短链、天然/人工合成RNA进行高覆盖度高分辨率空间定位分析 [7] - 标志着空间转录组学领域的重大飞跃首次结合全基因组检测与单分子级分辨率 [7] - 为生命科学和生物医学研究提供强大发现工具包括发育生物学、神经科学、肿瘤微环境研究和药物发现 [7]