涉案金额 - 涉案金额为3506.17万元[4] 判决与支付 - 二审判决公司支付15302343.45元，负担一审94698元、二审104848元受理费[6][8] 调解协议 - 公司给予补偿7651171.72元，付清后债权债务结清[11] - 九江市交通运输局同意15日内退还多付7651171.73元[12] 会计处理 - 最终会计处理及影响金额以审计确认结果为准[3][14]